[식물생리학] Experiment Arabidopsis thaliana
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- 목차
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Ⅰ. Introduction
1. 애기장대 Arabidopsis thaliana
2. RNA(mRNA)추출과 cDNA합성
3. PCR
4. 전기영동
5. EMS와 T-DNA
Ⅱ. Material
Ⅲ. 실험일정 및 실험원리
Ⅳ. Result
Ⅴ. Discussion
Ⅵ. Reference
- 본문내용
-
(2) 시발체(Primer)의 결합 (Annealing)
50°C ~ 65°C에서 진행된다. 시발체(Primer)가 자신의 염기서열과 상보적인 염기서열을 갖고 있는 DNA에 결합하는 단계이다. 염기간의 결합은 G와 C는 세 군데에서 수소결합이 일어나고, A와 T는 두 군데에서 결합이 일어나므로 G-C 결합이 A-T결합보다 강하다. 따라서 G+C 비율에 따라 결합온도에 변화를 주는 것이 좋다. 사실 시발체를 만드는 것도 이 결합 온도(Annealing Temperature)를 고려하여 합성해야 한다. 일반적으로 G-C content 가 50%가 되는 primer 쌍을 이용하는 것이 바람직하다. 보통 30초가량 지속되는 이 단계에서 시발체의 5'→3'방향으로 DNA의 합성이 시작된다.
(3) DNA의 신장 (Elongation)
70°C ~ 74°C에서 시행하며 원하는 PCR산물의 크기가 크거나 반응요소의 농도가 낮을 때에는 시간을 연장시킬 수도 있다. Taq 중합효소는 보통 1분에 2,000-4,000 염기쌍을 중합할 수 있으므로 원하는 PCR산물의 크기 1kb마다 1분 정도의 시간을 배당하면 충분히 반응이 일어난다. 마지막 cycle에는 약 10분 정도 시간을 충분히 주는 것이 좋다.
이 과정이 계속 반복하여 진행되면서(보통 25∼35회) DNA의 원하는 부분을 증폭시키는 것이 PCR 의 원리이다.
4. 전기영동
겔 전기 영동법(gel electrophoresis)은 겔 매트릭스에 전류를 흘려보내 DNA, RNA, 단백질 등을 분리하는 실험 방법이다.
(1) 겔 전기 영동 장치의 원리
그림과 같이 한천으로 된 겔에 시료를 넣고 전류를 흘려보낸다. 수소 이온 농도가 중성일 때 DNA는 인산기 때문에 음전하를 띈다. 이 때문에 DNA는 양극 쪽으로 끌려가는데, 겔은 다공성 물질이기 때문에 작은 DNA 절편이 더 빨리 끌려간다. 따라서 적당한 시간동안 전류를 흘려보내면 DNA 절편은 크기에 따라 분리된다.
(2) 아가로즈 젤 전기영동(Agarose gel electrophoresis)
아가로오스 농도 (% W/V)
DNA의 분리범위 (kb)
0.3
5 - 60
0.6
1 - 20
0.7
0.8 - 10
0.9
0.5 - 7
1.2
0.4 - 6
1.5
0.2 - 3
2.0
0.1 - 2
사진의 장치에서는 우뭇가사리에서 추출한 아가로스가 겔 매트릭스로 사용되었다. 아가로즈 젤 은 해상도는 낮지만, DNA 단편을 200bp에서부터 50kb까지 크기에 따라 분리할 수 있으며 사용이 간편하고, 다루기가 쉽기 때문에 현재 가장 많이 사용되고 있는 전기영동이다. 아가로즈는 해초로부터 추출되는 물질로서 선형 중합체의 형태를 하고 있다. 아가로즈 젤은 적당한 완충
- 참고문헌
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최신생물공학/ 정재동 외 저/ 경북대학교출판부 1996/ p.159-163
분자세포생물학 제 5판/ LODISH 외 저/ 월드 사이언스 2006/ p.369
식물분자생리학/ 심웅섭 저 /월드 사이언스 1999/ p.160-164
최신분자생물학 입문/ 이영렬 저/ (주)한빛지적소유권센터 1999
분자생물학/ David. P. clark 저/ 월드사이언스 2006
생물공학실험서/ 한국생물공학회 저/ 자유아카데미 2000
대학 미생물학/ 민경희 외 저/ 탐구당 1994
분자생물학/ 유민 저/ 정문각 2003
분자세포생물학/ 박상대 저/ 아카데미서적 2001
분자생물학/ 안정선 외 저/ 월드사이언스 2006
현대의 생물공학과 생물 산업/ 전문진 저/ 아카데미서적 2003/ p. 175~176
www.arabidopsis.org
www.pnas.org
www.genesdev.org
www.faculty.ucr.edu
논문 :
Title : The SPOROCYTELESS gene is essential for the formation of microsporocytes and megasporocytes in Arabidopsis
Authors : De Ye, Wei-Cai Yang, Jian Xu, Venkatesan Sundaresan* Institute of Molecular Agrobiology, The National University of Singapore, 1 Research Link, Singapore 117604. *e-mail: director@ima.org.sg; FAX 65-872-7007
Year 1999
Title : The SPOROCYTELESS gene of Arabidopsis is required for initiation of sporogenesis and encodes a novel nuclear protein.
Authors : Yang, W. C.,Ye, D.,Xu, J.,Sundaresan, V.
Year 1999
Title: The homeotic protein AGAMOUS controls microsporogenesis by regulation of SPOROCYTELESS.
Authors : Ito, T.,Wellmer, F.,Yu, H.,Das, P.,Ito, N.,Alves-Ferreira, M.,Riechmann, J. L.,Meyerowitz, E. M.
Year 2004
Title: NOZZLE (NZZ) interacts with a member of the YABBY gene family in yeast and in-vitro.
Authors : Patrick Sieber 1, Kay Schneitz 2
Year 2004
Title : SPOROCYTELESS modulates YUCCA expression to regulate the development of lateral organs in Arabidopsis
Authors : Li, L. C., Qin, G. J., Tsuge, T., Hou, X. H., Ding, M. Y., Aoyama, T., Oka, A., Chen, Z., Gu, H., Zhao, Y., Qu, L. J.
Year 2008
The SPOROCYTELESS/NOZZLE Gene Is Involved in Controlling Stamen Identity in Arabidopsis1[W][OA]
Xiaodong Liu2, Jian Huang, Sriram Parameswaran, Toshiro Ito, Brandon Seubert, Max Auer, Amy Rymaszewski, Gengxiang Jia3, Heather A. Owen, and Dazhong Zhao*
Department of Biological Sciences, University of Wisconsin, Milwaukee, Wisconsin 53211 (X.L., J.H., B.S., M.A., A.R., G.J., H.A.O., D.Z.); and Temasek Life Sciences Laboratory, National University of Singapore, Singapore 117604 (S.P., T.I.)
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