[유전체학] cDNA Microarray

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목차: 1.Introduction

2. Main subject

1) microarray , DNA chip
- microarray 정의
- DNA microarray의 원리 및 종류
- DNA chip 정의

2) cDNA의 개념
3) 데이터 등록 기관과 등록 방법
- 국가생물자원정보관리센터 (KOBIC)
- NCBI - GEO

4) 데이터를 이용하여 얻을 수 있는 결과

3. Discussion

4. Reference

본문내용: 1. Introduction
Microarray는 1980년대에서 1990년에 개념이 발전하여 시작된 기술이다. 이 기술은 나일론 membrane에 자란 cosmid library의 bacterial colony를 ~2mm정도의 간격으로 키운것을 hybridization한 것을 시발로 한다. 전체를 사용하여 probe DNA와 hybridization하는 이 colony를 선택하는 일종의 screening 방법이었다. 그 이후 거의 모든 중요한 생물체의 전체 염기서열들이 결정되기 시작한 1990년애 말에 이르러 DNA chip과 mRNA의 “expression profiling"은 염기서열이 결정된 생물 종 전체에 응용되기 시작했다. 엄밀한 의미의 ”expression profile"은 세포내에서 활동 단위인 전체 단백질의 양을 개별적으로 정량화 하는 것이다. 하지만, 이렇게 모든 단백질을 정량화 하는것은 실험으로 구현하기 매우 어려운 점들이 있고, 미량으로 존재하는 단백질과 세포의 구조를 주로 형성하는 대량으로 발현되는 단백질간의 양은 몇 백배에 이르는 차이를 보이기 때문에 단백질을 직접 사용하기 보다 단백질을 만드는 mRNA양을 대신하여 정량화 하고 있다. 비록 mRNA expression profile은 단백질 profile과 완전히 일치하지 않지만, 세포가 조절되는 기작을 충분히 반영할 수 있다. 따라서 DNA microarray에서 구할 수 있는 mRNA expression profile은 아직까지 강력한 발현프로파일 구성도구로 사용되고 있다. 하지만 DNA microarray는 새로운 응용이 가능한데, probe로 사용하는 mRNA대신 genomic DNA를 사용한 SNP(Single Nucleotide Plymorphism)을 연구하는 데에도 이용되고 있다.

2. Main subject

1) Microarray, DNA chip
1980년에서 1990년대에 그 개념이 정착되어 개발되기 시작한 기술로, 그 시작은 나일론 membrane에 자란 cosmid library의 bacterial colony를 2mm 간격으로 키워 hybridization한 것이다. 당시에는 전체 염기 서열 정보를 알 수 없었기에 library 전체를 사용하여 probe DNA와 hybridization하는 colony를 선택하는 일종의 screening 방법이었다. 이후 1990년대 말, genome 기술의 발달과 더불어 대부분 알려진 중요한 생물종의 전체 염기 서열 정보가 밝혀지면서, DNA chip과 mRNA의 "expression profiling"은 염기서열이 결정된 종 대부분에 대해 응용되기 시작하였다.

참고문헌: ․ Microarray 응용 현황과 미래 - 이창묵

․ 국가생물자원정보관리센터(KOBIC) http://www.kobic.re.kr:8080/kobic/index.php
․ NCBI - GEO http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
․ http://bric.postech.ac.kr/webzine/content/review/indivi/2006/v8n3/in02011.pdf
http://leomy.com.ne.kr/11%C1%D6%20Genome%20project%20and%20DNA%20chip.html
․ http://pat.kobic.re.kr/biodeposit/in_microarray

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