[생물학실험] 16S rDNA Preperation

16S rRNA 분석처럼 세균 전체를 범위로 두는 것은 아니다. 또한, 최근에 발표된 종은 이들 데이터베이스에 들어있지 않다. 따라서 기본적이고 포괄적인 동정을 위해선 반드시 16S rRNA 분석을 시행해야 한다. 따라서 이런 16S rRNA 분석을 통한 세균의 동정을 위해 본 실험을 시행하였다. ♣ Materials & methods1) Genomic DNA의 분리 : 16S rRNA를 coding하는 16S rDNA을 cloning하기 위해서① 20 mM glucose가 포함된 5 ml의 MSB에서 밤새도록 배양한 세균을 (O.D.0.5~0.8)를 harvest한다.

16S rRNA생태학적 연구에 사용되고 있는 분자생물학적 기술은 미생물의 유전자를 대상으로 하기 때문에 기존의 배양으로 분리할 수 없었던 다양한 미생물의 정보를 얻어낼 수 있다. 미생물의 지문 인식 법으로 사용되고 있는 16S rDNA 유전자는 미생물을 종 수준으로 구분할 수 있는 정보를 담고 있는 영역이며, 염기서열 변화는 미생물간의 유연관계를 파악하는 데에 유용하다. 16S rRNA 의 가변 부위는 종과 속간의 분화에 따른 다양성이 큰 부분으로 특정

생물학실험(1)#5 Report제출일자 : 2007. 10. 15♣ Title- 16SrDNA sequencing 을 위한 PCR product의 Vector Cloning♣ Introduction우리가 CO에서 자라는 세균을 동정하기 위해 emrichment와 pure culture 를 시켜 얻은 샘플과 metagenome 샘플을 얻었었다. 이 중 우리조는 metagenome 샘플의 PCR를 통해서 CO 세균의 DNA를 확인할 수 있었다. 이렇게해서 얻은 16SeDNA의 sequencing을 위해 업체에 의뢰해야 하지만, 이 상태로 바로 데이터를 전송할 경우, 정확한 결과를 얻기 힘들다. 그 이유는 metage

실험실로 운반한다. 수집된 토양시료에 멸균수를 넣고 희석하여 배지에 도말을 하고 1주일간 배양하여 성장하는 세균만을 분리한다. 분리된 세균들 중에 식물병원성 진균(Peronospora brassicae)의 항균력을 가진 세균을 선발하기 위해, 3일정도 배양된 식물 병원성 진균에 일정간격을 두고 세균을 loading 한 후 3일간 배양하면서 inbition zone 형성 여부를 관찰한다. 균주의 genomic DNA로부터 16S rDNA를 PCR로 증폭하여 순수 정제하고 primer를 이용하여 sequencing 후 Blast s

생물학적 분석. 한국미생물학회. 33(1), 55-65, 1997.와 같은 계통분류학적 database를 구축할 수 (그림2) Sargasso Sea로부터 추출된 rDNA들의 있게 되었다. 관계를 보여주는 phylogenetic tree. 최근까지의 연구동향은 크게 세 방향으로 나뉘어 수계 생태계 내에서 추출한 핵산을 이용하여 16S rRNA 유전자를 증폭하고 cloning하여 염기서열을 분석하거나 RFLP pattern 분석, 혹은 16S rRNA에 특이적인 probe를 이용하여 hybridization 실험을 하는 것이 일반적이다. 그러나 cloning 후에